5、当碎片整理过程完成后，选择下一个要进行碎片整理的卷(如果有其它卷的话)，直至所有卷碎片整理及合并完毕。
　　了解颜色代码显示图
　　“磁盘碎片整理”使用颜色代码系统来显示卷中不同文件类型和可用空间的组织情况。碎片文件编为红色，连续文件为蓝色，系统文件(包括 MFT 和页面文件)为绿色，可用空间为白色。显示图上每个颜色块的大小代表每个文件元素在卷中占有空间的多少及其相对位置。
　　了解颜色代码图所代表的磁盘的“大概”状况非常重要。实际上，每个象素行(72 个象素＝ 1英 )通常代表数千个簇，其中有一些可能混合包含有碎片文件、连续文件、可用空间和系统文件。考虑到这一点，算法根据组成磁盘扇区(由各个象素行表示)的主要特定文件元素确定要显示为什么颜色。另外，由于为近似表示，“磁盘碎片整理程序”显示出略有偏差的磁盘状况。
　　例如，如果所显示的象素行代表 1000 个簇，其中的 51% 为连续，49% 为可用空间，则“磁盘碎片整理程序”将此段显示为表示连续的蓝色。结果隐藏了可用空间，并使显示图上的可用空间总数似乎远小于 Windows 资源管理器所报告的实际数量。但是，磁盘碎片整理成功后，颜色显示将表示出更为准确的磁盘状况，所代表的可用空间数也更为准确。 　　
　　碎片整理需要磁盘上有足够的空间
　　如果要进行碎片整理的磁盘中碎片已经非常严重，则该磁盘上可能没有足够的空间来运行碎片整理过程。这是因为在原有簇标记为可用之前，要在碎片整理后的新位置对碎片整理过的文件进行完整备份。
磁盘碎片整理之后，“磁盘碎片整理程序”可能仍会报告： "It is recommended that you defragment this disk."(建议您对该磁盘进行碎片整理。) 这表示磁盘上的可用空间太少，无法有效执行碎片整理程序。此时，应进行如下操作：
　　.从磁盘中临时删除一些大型文件。
　　.删除不再需要的文件。
　　计算所需的可用空间
　　如上所述，在描述主文件表的扇区中，磁盘的 1/8 分配给 MFT 区域。虽然该区域被标为可用空间，但仅被 Windows 2000 保留为 MFT 专用。当进行碎片整理时，“磁盘碎片整理程序”无法将文件移至 MFT 区域以利用该空间。因此当计算碎片整理的可用空间总数时，必须从 Windows 资源管理器所报告的可用空间中减去 12%。建议使 NTFS 格式磁盘保留有 30% 的可用空间，以确保有足够空间用于有效的碎片整理。
　　总结
　　文件碎片可能对操作系统的速度和性能造成负面影响。为了保持使用 Windows 2000 时的最佳性能，应定期对磁盘状况进行分析(对于中度和繁重使用的情况最好每周一次，断续使用情况可以减少频率)并按需要进行碎片整理。
　　“磁盘碎片整理程序”主要用于单机和具有管理员权限的用户， 而不用于网络碎片整理。需要网络控制、自动计划、和对多个分区以及 MFT 和分页文件同时进行碎片整理功能的管理员，应考虑升级为可在网络执行的第三方碎片整理程序。