Web.config究竟是ASP.Net的配置文件还是IIS的配置文件
修改IIS的网站的属性（非ASP.net区域）也还会修改Web.config。

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web.config是属于asp.net项目的，这个项目会挂在iis下面。
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IIS也有配置、
但是如果存在于项目中的config则是对这个的权限、访问机制做一些配置。最简单的就是配置数据库或者service地址
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iis也有一个machine.config的东东。它是web.config的爸爸。
不过儿子通常都不听话。