<httpHandlers>
<!--page="文件夹/*.aspx"要放在第一条，因为从上面检测下来，当遇到.aspx后缀名的都交给MyHander执行-->
  <add verb="*" path="*.aspx" type="MYL.SQL.MyHander,MYL.SQL"/>
  <add verb="*" path="文件夹/*.aspx" type="System.Web.UI.PageHandlerFactory" />
</httpHandlers>

------解决方案--------------------
对于aspx页面，ASP.NET Framework在默认情况下是交给System.Web.UI.PageHandlerFactory这个HttpHandlerFactory来处理的。当一个HTTP请求到达这个HttpHandlerFactory时，HttpHandlerFactory会提供出一个HttpHandler容器，交由这个HttpHandler容器来处理这个HTTP请求。 一个HTTP请求都是最终交给一个HttpHandler容器中的ProcessRequest方法来处理的。  
.NET为asp.net提供了很多系统默认HttpHandler类，用来适应不同类型的HttpRequest。比如aspx，在machine.config中是这样定义的：   
       <add verb="*" path="*.aspx" type="System.Web.UI.PageHandlerFactory"/>  
这就说明遇到aspx的Request请求，asp.net会将其交给System.Web.UI.PageHandlerFactory的HttpHandler类来处理。  
  <add verb="*" path="Handler1.aspx" type="MyHandler.MyHandlerFactory, MyHandler"/>  
          <add verb="*" path="Handler2.aspx" type="MyHandler.MyHandlerFactory, MyHandler"/>  
     </httpHandlers>  
到这里，针对Handler1.aspx和Handler2.aspx两个页面的http请求就通过HttpHandler工厂处理

------解决方案--------------------
有个细节LZ注意一下:
HttpModule:如果定义了多个HttpModule，在web.config文件中引入自定义HttpModule的顺序就决定了多个自定义HttpModule在处理一个HTTP请求的接管顺序。
HttpHandler:HttpHandler与HttpModule不同，一旦定义了自己的HttpHandler类，那么它对系统的HttpHandler的关系将是“覆盖”关系.

一个是按顺序处理,一个是只处理一次的.所以下面的httpHandlers配置中,path="文件夹/*.aspx"不会执行上面的注入处理.
<httpHandlers>
 <add verb="*" path="*.aspx" type="MYL.SQL.MyHander,MYL.SQL"/>
 <add verb="*" path="文件夹/*.aspx" type="System.Web.UI.PageHandlerFactory" />
</httpHandlers> 


PS:推荐一文章
http://www.cnblogs.com/chenlulouis/archive/2009/12/18/1626918.html