//读取session中上传文件数据
                UploadInfo uploadInfo = Session[UploadInfo.UPLOADINFO] as UploadInfo;
                if (string.IsNullOrEmpty(uploadInfo.FilePath) || string.IsNullOrEmpty(uploadInfo.LastFileName))
                {
                    convertInfo.Status = -3;
                    return;
                }

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个人觉得可能是大文件转换时间长的问题，ffmpeg我印象中是无法知道文件何时转换完毕的，也就是说你调用了vc.VideoConvertFlv()后，他什么时候能够转换完毕，你是不知道的，而你后续的截图等操作应该是等转换完毕后再截图。问题就是如何得知已经转换完成，完成了就做截图等操作，没有完成就继续等待。
我的想法是用一个循环，检测转换后的文件是否存在，不存在则等待2秒（几秒你自己定），再检测文件是否存在，一直到检测到文件存在了，说明转换完毕，退出循环，做后续操作。

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你可以这样测试下
1，先确保上传成功了
2，先别删除视频，
3，for (int i = 1; i <= 5; i++)里面Sleep一段时间试试
4，iis有应用程序池的回收机制，看看是不是占用了过多的内存进行了回收，你可以设置下应用程序池的配置试试