Process p = new Process();
            p.StartInfo.FileName = "cmd.exe";
            p.StartInfo.WorkingDirectory = workingDirectory;
            p.StartInfo.UseShellExecute = false;
            p.StartInfo.RedirectStandardInput = true;
            p.StartInfo.RedirectStandardOutput = true;
            p.StartInfo.RedirectStandardError = true;
            p.StartInfo.CreateNoWindow = true;
            p.Start();
            p.StandardInput.WriteLine(command);
            p.StandardInput.WriteLine("exit");

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VC写的程序，需要在显示窗体的代码逻辑中判断从命令行传入的cmdshow参数，并且在程序中决定是显示还是不显示，这样才有用。mfc程序框架应该是实现了的，sdk的程序就要看写程序的人自己有没有这样的考虑了。

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不想有界面的话 可以写成服务
google  
C#创建Windows服务

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Process p = new Process();
p.StartInfo.FileName = "ConsoleApplication1.exe";
p.StartInfo.Arguments = TextBox1.Text;
p.StartInfo.RedirectStandardOutput = true;
p.StartInfo.UseShellExecute = false;
p.StartInfo.CreateNoWindow = true;
p.StartInfo.WindowStyle = System.Diagnostics.ProcessWindowStyle.Hidden;
p.Start();
p.WaitForExit();

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除非拦截API，给ShowWindow挂钩。

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我是在快捷方式上加参数，然后让窗体判断第一次显示的时候隐藏窗体，并设置窗体最小化显示不在任务栏中显示，这样就不会闪了。

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啊哦 只能用api了 发消息给窗体 用参数控制是否显示或隐藏窗体..

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要目标程序的支持才行吧