//源代码字符串(最好从文件中读取)
string source = "using System;" +
                "using System.Windows.Forms;" +
                "namespace App2" +
                "{" +
                "    public class MainForm : Form" +
                "    {" +
                "          static void Main(string[] args)" +
                "          {" +
                "               " +
                "          }" +
                "    }" +
                "}";

//初始化C#编译器
Microsoft.CSharp.CSharpCodeProvider CScodeProvider = new Microsoft.CSharp.CSharpCodeProvider();
System.CodeDom.Compiler.ICodeCompiler icodeCompiler = CScodeProvider.CreateCompiler();

//设置C#编译器编译参数
System.CodeDom.Compiler.CompilerParameters compilerParameters = new System.CodeDom.Compiler.CompilerParameters();
compilerParameters.GenerateInMemory = false;  //生成文件
compilerParameters.GenerateExecutable = true;  //生成可执行文件
compilerParameters.ReferencedAssemblies.Add("System.dll");  //添加程序集引用
compilerParameters.ReferencedAssemblies.Add("System.Windows.Forms.dll");
compilerParameters.ReferencedAssemblies.Add("System.Drawing.dll");
compilerParameters.OutputAssembly = Application.StartupPath + "\\2.exe";  //指定输出文件

//开始使用这个参数，对脚本代码进行编译
System.CodeDom.Compiler.CompilerResults compilerResults = icodeCompiler.CompileAssemblyFromSource(compilerParameters, source);

//如果编译出错，那么出错信息就在compilerResults变量内

------解决方案--------------------

1.exe的功能输出"Hello 1_exe"  
2.exe的功能是输出："ello 2_exe"

在调用1.exe时要调用2.exe，楼主是不是这个意思、
我的源代码如下：
  1.exe的  
using System;