string msg = "该用户没有进入招标管理页面的权限";
Page.ClientScript.RegisterClientScriptBlock(this.GetType(), "js", "<script>alert('" + msg + "');window.location.href='main.aspx';</script>");

------解决方案--------------------
飘过...

------解决方案--------------------
Response.Write(" <script>alert('"+"该用户没有进入招标管理页面的权限！"+"');location.href='Index.aspx'; </script>");  

楼上正解

------解决方案--------------------
应减少使用Response.Write输出脚本..

------解决方案--------------------
  string str = "<script language='JavaScript'>alert('" + Msg + "');window.location.replace('" + Url + "');</script>";
 HttpContext.Current.Response.Write(str);

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因为系统 先执行服务器端代码，后执行客户端js，所以会出现你的问题

程序代码为：
if (权限==false)
{
 Response.Write(" <script>alert('"+"该用户没有进入招标管理页面的权限！"+"'); </script>");
 //Response.Redirect("~/main.aspx"); 
 -》Response.Write(" <script>location.href='/main.aspx'; </script>");
}
else
{
BindZbData()
}

------解决方案--------------------
探讨

C# codestring msg = "该用户没有进入招标管理页面的权限";
Page.ClientScript.RegisterClientScriptBlock(this.GetType(), "js", "<script>alert('" + msg + "');window.location.href='main.aspx';</script>");



href里边的路径你自己写.