Java编译生成的.class文件存的是字节码，那么.net EXE中究竟是IL还是机器码？
我认为是IL，不知对否？
如果是IL，那么每次执行EXE就要进行一次编译？

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是IL代码 每次运行时由即时编译器(JIT)负责编译成本机代码,但是针对IL代码中的相同方法JIT只编译一次,然后将其缓存在动态内存中,下一次调用相同的方法或代码段时直接取用就行了.
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都有.
每个exe都有一条跳转到mscoree.dll的_CorExeMain函数的机器码.
_CorExeMain会负责初始化运行环境并查找exe镜像中的IL并运行.
剩下的同一楼.
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.Net编译好的不是汇编指令，而是IL指令，Java是字节代码

JIT 运行时.Net装载入口Assembly，CLR公共语言运行时运行代码创建主应用程序域，然后CLR提取代码从IL编译为汇编指令并执行，循环到第二部分代码。。。每部分代码都是即时编译(JIT)。代码运行中CLR监视内存使用情况并处理垃圾回收等等。

Java 不同的是编译为字节代码，字节代码有一套通用的语法，可以跨平台。字节代码是解释性的。Java程序的跨平台主要是指字节码文件可以在任何具有Java虚拟机的计算机或者电子设备上运行，Java虚拟机中的interpreter(解释器)负责将字节码文件解释成为特定的机器码进行运行。
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可以用系统提供的NGen.exe工具生成本地代码
这样做的好处是加快启动速度，减小程序工作集，
但是会降低性能
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同意楼上的解释，NGen可以将IL预先编译为本地代码。但是这样会带来相应的问题。所以一般还是默认的IL好一些。