webroot目录中的文件夹加上~是表示什么意思？
WebRoot
  ~based
  ~cust
  ~rept

诸如此类的文件目录？

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正常是没有这样的文件的，如果有是你命名的问题吧。或者你是不是非法操作引起的。
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正常情况下不应该是这样的。1，如一楼所说。有非法字符或者操作。2，文件夹是恢复回来的。。祝楼主早日解决问题
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可能是你配置的问题把，不了解 友情置顶