请问一个在Myeclipse下配置Hibernate JNDI数据源的问题
是不是先在Tomcat配置好数据源吗

然后再在Hibernate里的配置用它就可以了

还有我在用Myeclipse配置的时选择使用JNDI数据源factory选项不知道要选填什么

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不用，hibernate配置文件中配置下就行了
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Hibernate有个配置文件,你在里面配置就可以了,在Myeclipse安装好了,有个添加hibernate属性支持的选项,添加后多一个Hibernate的xml配置文件,在里面配置就可以了.
如:
<property name= "connection.driver_class "> com.microsoft.jdbc.sqlserver.SQLServerDriver </property>
<property name= "connection.url "> jdbc:microsoft:sqlserver://localhost:1433;DatabaseName=hnnxbs;SelectMethod=cursor </property>
<property name= "dialect "> org.hibernate.dialect.SQLServerDialect </property>
<property name= "myeclipse.connection.profile "> yjh1104 </property>
<property name= "connection.username "> sa </property>
<property name= "connection.password "> </property>
<property name= "hibernate.show_sql "> true </property>
<property name= "hibernate.jdbc.fetch_size "> 50 </property>
<property name= "hibernate.jdbc.batch_size "> 25 </property>