话说～大家DAO层的类是怎么命名的呢？
比如：有一个“部门类”和“员工类”他们的关系是 OneToMany 的关系 


“部门类”[1]←----[N]“员工类”  

“员工类”参考“部门类”,并且“员工类”中设置 cascadeType=All

也就是说，在保存“员工类”的时候时候会自动保存“部门类”


那在DAO层中，我是单独写一个 departmentDao 和 employeeDao 然后再分别写各自相关的增、删、改、查、方法呢，还是我就写一个_department_employeeDao，然后将“部门类”及“员工类”的所有增、删、改、查、方法都写在这一个类中？

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departmentDao 和 employeeDao
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这个要综合看了。
如果还有其它功能需要调用departmentDao或employeeDao，那分开写，这样方便其它模块的调用。然后你这个功能可以写一个service,来分别调用departmentDao和employeeDao实现既存部门又存员工的作用。

如果系统比较小，这个功能又比较独立，那写一起也可以。

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根据你的模块名称命名！