Scanner scanner = new Scanner(System.in);
        System.out.print("第一步 按回车键继续:");
        scanner.nextLine();

        System.out.print("第二步 按回车键继续:");
        String l = "";
        do {
            l = scanner.nextLine();
        } while (l.length() == 0);

        System.out.println("完成");

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呃，楼主，我现在终于理解你的需求了，但我不得不说你这是一个矛盾
你需要用户按两个回车，又不允许他一次按两个回车……
问题是没有办法从输入流（system.in）中简单的知道这两个回车是何时按下的。
可能你理所当然地认为程序的执行顺序是这样的：
打印提示->等待输入->输入两个回车->打印提示->等待输入（直接跳过了）->结束
但实际上这种情况非常不可能，一般的顺序是这样的
打印提示->等待输入->输入回车->打印提示->等待输入->输入回车->结束
原因是电脑执行速度非常快，哪怕两个回车之间的间隔只有0.01秒，对程序来说，中间的时间也足够打印第二个提示了（你调试在中间打断点的话是另一回事）

不知道楼主明白了没，即使你第一次读取后把System.in清空了，仍然不能避免这种情况，因为那时候System.in原本就已经空了，第二次输入在0.01秒以后才会到达

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没啥好办法，自己写个scanner,处理InputStream吧。这个总是能实现的。

Scanner内置有缓冲，很麻烦。