File file1 = new File("D:/testfile1.xml");
            File file2 = new File("D:/testfile2.xml");
            
            OutputStream os =null;
            InputStream is =null;
            try {
                os = new FileOutputStream(file1,true);
                is = new FileInputStream(file2);
                
                byte b[]=new byte[is.available()];
                is.read(b);
                os.write(b);
            } catch (FileNotFoundException e) {
                // TODO Auto-generated catch block
                e.printStackTrace();
            } catch (IOException e) {
                // TODO Auto-generated catch block
                e.printStackTrace();
            } finally {
                try {
                    os.close();
                    os=null;
                    is.close();
                    is=null;
                } catch (IOException e) {
                    // TODO Auto-generated catch block
                    e.printStackTrace();
                }
            }

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写第一个文件就可以了。读出第二个文件，然后把相应内容加到第一个文件的里面，然后执行对第一个文件的写操作。

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用dom4j比较容易实现。