<%
    Calendar cal = Calendar.getInstance();
    cal.add(Calendar.DATE, -1);
    SimpleDateFormat sf = new SimpleDateFormat("yyyy-MM-dd");
    String newTime = sf.format(cal.getTime());
%>

<table>
       <tr>
           <td>
               查询时间：
               <input id="begintime" name="begintime" type="text" 
                      value="<%=newTime%>" maxlength="20" style="width:80px" readonly/>
            </td>
        </tr>
</table>

<script type="text/javascript">
$(document).ready(function() {
        var newTime = <%=newTime%>;
        alert(newTime);
});
</script>

var newTime = <%=newTime%>;

------解决方案--------------------
探讨

。。。你把2012-09-10的-看成减号，，算算看。。。。
 

JScript code
var newTime = <%=newTime%>;

这个会被编译器处理成
 

JScript code
var newTime = 2012-09-10;

然后页面上运行JS的时候，，就是作为运算处理。
 

JScript code
var newTime = ……