如果你可以为生成的checkbox统一加上相同的name就可以获取了
<input type="checkbox" name="node"/>
var nodes = document.getElementsByName("node");
var ids = [];
for (var i = 0; i < nodes.length; i++) {
     if (nodes[i].checked) {
        alert(nodes[i].value);
        temp.push(nodes[i].value);
     }
}
alert(temp.join(","));

------解决方案--------------------

你已经获取到了已经选中的，就是要获取选中节点的父节点 ，可以用getParentId

还有 getAllCheckedBranches这个方法，估计就是获取选中的及第三状态的
他的说明return list of identificators of nodes with checked and third state checkboxes, separated by default delimiter  

要不然你就用getAllChecked方法，获取到选中节点数组，然后用getParentId(item)获取其父节点