Linux集群的安装与并行计算

Linux集群的安装与并行计算
2011年12月18日
　　1.linux安装
　　　　安装过程就不多说了。需要注意的是安装时，如果机群不与外界联网则可以不考虑安全方面的因素而把rsh选为可信赖的服务，注意安装相应的软件包；如果还要与外界保持联网，出于安全需要应把ssh选为可信赖的服务。安装以后，应该保证各节点之间能够用ssh相互登录。每个节点的sshd都应该能正常提供服务。主机名：node1...noden (我所构建的系统n=2)
　　　　2.创建NFS服务
　　　　在服务器节点public目录下建立mpi目录，并将其配置成NFS服务器，在/etc/exports文
　　　　件中加入一行：
　　　　/public/mpi node1(rw) node2(rw)
　　　　在客户端节点的/etc/fstab文件中增加一行：
　　　　sever :/pubilc/mpi nfs rw , bg , soft 0 0
　　　　将/public/mpi这个目录从服务器节点输出，并装载在各客户端，从而便于在各节点间分发任务
　　　　3.修改/etc/hosts文件，将所有节点名称极其ip地址填入。例如：
　　　　127.0.0.1　localhost.localdomain localhost
　　　　192.168.1.1　node1
　　　　192.168.1.2　node2
　　　　…………………….
　　　　每个节点都进行类似的配置。这样做的目的是使节点之间能够通过node1 ... noden的名称相互访问。你可以通过ping noden 或 ssh noden进行测试。
　　　　4.修改(或创建)/etc/hosts.equiv文件
　　　　将所有你允许访问本机进行mpi计算的机器名填入，一行一个机器名。这一步是为了使节点对其它的节点放权。
　　　　例如，我的node1是我用于启动mpi集群计算的机器，其他的节点是参与计算者，在node1的/etc/hosts.equiv文件是这样的：
　　　　node1 #给自己放权，这样在只有一台机器时也可以模拟并行计算环境
　　　　node2
　　　　.....
　　　　noden
　　　　在node2...noden的/etc/hosts.equiv文件：
　　　　node1 #对node1放权
　　　　node2
　　　　......
　　　　noden
　　　　5.修改~/.bash_profile文件
　　　　首先决定一个用于启动集群计算的用户名，不提倡使用root进行集群计算。这里在每个节点上建立新用户chief，他们的主目录都是/home/chief，必须采用同样的密码，将来的计算程序必须放在相同的路径上。譬如你的程序为：fpi.f和a.out，则必须把a.out放在同样的路境内，比如~/mpirun/a.out，每个节点都是如此。 修改~/.bash_profile文件，主要是加入下列几行脚本：
　　　　export PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin
　　　　export MPI_USEP4SSPORT=yes
　　　　export MPI_P4SSPORT=22
　　　　export P4_RSHCOMMAND=rsh 或ssh
　　　　这里我们预定了将来mpich的运行环境安装在目录/usr/local/mpich下面。其余的三个变量是用来通知mpi运行环境采用rsh(或ssh)来作为远程shell。linux的运行环境到此就配置完毕了。
　　　　6.配置rsh 或ssh
　　　　对于采用rsh来作为远程shell运行MPI的用户只要保证在各个节点上都具有相同的用户，并把这一用户的密码设为空密码就可以运行了。
　　　　若采用ssh作为远程shell则按如下配置：以你设定的用于启动mpi计算的用户登录，运行
　　　　ssh-keygen，这将生成一个私有/公开密钥对，分别存放在~/.ssh/identity和~/.ssh/i
　　　　dentity.pub文件内。然后进行访问授权，运行：
　　　　cp ~/.ssh/identity.pub ~/.ssh/authorized_keys
　　　　chmod go-rwx ~/.ssh/authorized_keys
　　　　ssh-agent $SHELL
　　　　ssh-add
　　　　在每个节点重复一遍。试着在某一节点上登录其它节点，ssh noden，则在.ssh/下生成一个known_hosts2文件，里面放着访问该主机的密钥，把所有密钥收集起来，在各个节点上作同样的拷贝。这样做的目的是使各节点相互之间访问无需输入密码。
　　7.开启各项必需的服务
　　　　如果是以根用户root 登陆系统的则可以用ntsysv命令启动ntsysv实用程序。ntsysv 实用程序允许使用简单的菜单界面启动或关闭各种运行等级的服务。在其中我们选择开启rsh ,rlogin,telnet等。也可以关闭一些服务以加快启动速度如sendmail。
　　　　如果是使用su命令转为root用户的则很可能运行ntsysv并不出现ntsysvs实用程序。此时可以直接去修改/etc/xinetd.d下的rlogin, rsh ,telenet的设置。用vi编辑器打开xin
　　　　etd.d:
　　　　vi /etc/xinetd.d
　　　　则可看到如下所示的配置文件:
　　　　关于rsh的设置如下
　　　　# default: off
　　　　# description: The rshd server is the server for the rcmd(3) routine and, \
　　　　# consequently, for the rsh(1) program. The server provides \
　　　　# remote execution facilities with authentication based on \
　　　　# privileged port numbers from trusted hosts.
　　　　service shell
　　　　{
　　　　disable = yes
　　　　socket_type = stream
　　　　wait = no
　　　　user = root
　　　　log_on_success += USERID
　　　　log_on_failure += USERID
　　　　server = /usr/sbin/in.rshd
　　　　}
　　　　关于rlogin的设置如下
　　　　# default: off
　　　　# description: rlogind is the server for the rlogin(1) program. The server
　　　　\
　　　　# provides a remote login facility with authentication based on \
　　　　# privileged port numbers from trusted hosts.
　　　　service login
　　　　{
　　　　disable = yes
　　　　socket_type = stream
　　　　wait = no
　　　　user = root
　　　　log_on_success += USERID
　　　　log_on_failure += USERID
　　　　server = /usr/sbin/in.rlogind
　　　　}
　　　　关于telnet的设置如下
　　　　# default: off
　　　　# description: The telnet server serves telnet sessions; it uses \
　　　　# unencrypted username/password pairs for authentication.
　　　　service telnet
　　　　{
　　　　disable = yes
　　　　flags = REUSE
　　　　socket_type = stream
　　　　wait = no
　　　　user = root