系统文件么被莫名修改...应用程序有可能干这事么？

事件： 同事使用应用程序进行一些文件等操作后，出现其他目录下的系统文件被破坏的情况。 
  同事说根本没操作过系统文件的目录（/etc） 相信这种低级错误他应该不会犯， 那
系统文件在没人动的前提下，怎么就被修改了呢？ 

疑问： 有没有可能是 他的程序越界了，无意间修改到了/etc下面的文件？ 比如内存越界什么的原因。


环境： PowerPc 2.6.29

  根文件系统为： Ramdisk文件系统 ， 我又挂载了一个jffs2文件系统，存储一些需要保存的配置文件。
jffs2文件挂载在了，/usr/local/conf下。

FLASH分区方面，PowerPc使用的device tree, 根文件系统和jffs2在划分上是连续的(不重叠).

分区应该是正常的，cat /proc/mtd 可以看到 根文件系统，和jffs2文件系统等。


我们项目经理说，可能是我FLASH分区不对，导致内存混乱了。

我对虚拟内存这块理解的不深，这会正在看各种资料。 但我总感觉，这根我FLASH分区有关系？？？


问题： 1、除了直接的OPEN文件，可以直接修改文件外， 什么方法， 可以破坏文件的存储？ 比如破坏文件之间的
  链表结构。
   
  2、出现这种现象的原因可能是？  
  3、FLASH分区会对这个有影响么？ 如有影响，我把各mtdblock之间留些空隙，可以解决此问题否？（个人感觉应该跟这个没影响..）


问题有点纠结，不太好描述...谷歌百度查，都不好查... 望各位帮帮忙 先谢过！



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最可能的情况是：
1.这位同事忽视了绝对路径和相对路径之间的关系和区别
2.这位同事没有注意程序运行时的父目录所在位置
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你的东西不能用串口进行调试？你怎么确定是文件被破坏了？