分页类
Zend_View_Helper_PaginationControl::setDefaultViewPartial('my_pagination_control.phtml');

这个my_pagination_control.phtml这个视图文件能不能指定一个目录
而不是每个模块都在模块自己的views/script下查找?

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当然，可以。
$this->view->addScriptPath(PAGE_DIR);
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最简单的方式就是在action里，直接加。当然还有很多方式，有空可以研究一下