1.正常安装第一个mysql(安装步骤省略)
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2.在控制面板里停止第一个mysql服务
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3.将C:\Program Files\MySQL目录下的所有目录和文件copy到另外一个路径,我这里是copy到E盘（注意，响应的数据库存储文件也需要一同复制（可能不在MySQL目录下），即配置文件中提到的data下面的文件）
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4.创建第二个mysql的my.ini文件
第一个mysql的my.ini文件默认是在如下路径
C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\MySQL\MySQL Server 5.5\my.ini
copy该ini文件存放到E:\MySQL\mysql_base,这个路径可以随意定义,并修改如下内容:
[client]
port=3307 #第一个数据库的默认端口是3306 这里需要另外启用一个端口
# The TCP/IP Port the MySQL Server will listen on
port=3307
# Path to installation directory. All paths are usually resolved relative to this.
basedir="E:\MySQL\MySQL Server 5.5\"???????? #第二个数据库basedir
# Path to the database root
datadir="E:\MySQL\MySQL Server 5.5\data\"??? #第二个数据库datadir
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5.创建启动服务
mysqld install MySQL2? --defaults-file="E:\MySQL\mysql_base\ini\my.ini"
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6.修改注册表
HKEY_LOCAL_MACHINE-->SYSTEM-->CurrentControlSet-->Services
找到刚才创建的MySQL2,将ImagePath修改成如下":
"E:\MySQL\MySQL Server 5.5\bin\mysqld" --defaults-file="E:\MySQL\mysql_base\ini\my.ini" MySQL2

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参考：

http://blog.chinaunix.net/uid-77311-id-3450734.html

http://blog.csdn.net/zfqzpp/article/details/13630905

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