【总结】：
两种类型最主要的差别就是 InnoDB 支持事务处理与外键.而MyISAM不支持.因为MyISAM相对简单所以   在效率上要优于InnoDB..小型应用使用MyISAM是不错的选择.

MyISAM表是保存成文件的形式,在跨平台的数据转移中使用MyISAM存储会省去不少的麻烦..

InnoDB所有的表都保存在同一个数据文件 ibdata1 中（也可能是多个文件，或者是独立的表空间文件）,相对来说比较不好备份，免费的方案可以是拷贝数据文件、备份 binlog，或者用 mysqldump。

可以看出在MySQL 5.0里面，MyISAM和InnoDB存储引擎性能差别并不是很大，针对InnoDB来说，影响性能的主要是 innodb_flush_log_at_trx_commit 这个选项，如果设置为1的话，那么每次插入数据的时候都会自动提交，导致性能急剧下降，应该是跟刷新日志有关系，设置为0效率能够看到明显提升，当然，同样你可以SQL中提交“SET AUTOCOMMIT = 0”来设置达到好的性能。另外，还听说通过设置innodb_buffer_pool_size能够提升InnoDB的性能，但是我测试发现没有特别明显的提升。

基本上我们可以考虑使用InnoDB来替代我们的MyISAM引擎了，因为InnoDB自身很多良好的特点，比如事务支持、存储过程、视图、行级锁定等等，在并发很多的情况下，相信InnoDB的表现肯定要比MyISAM强很多，当然，相应的在my.cnf中的配置也是比较关键的，良好的配置，能够有效的加速你的应用