@echo off
for /f "tokens=1* delims=:" %%a in ('dir^|findstr /n ".*"') do (
if not "%%b"=="" (
echo %%b
echo %%b>>a.txt
) else (
echo.
echo.>>a.txt
)
)

------解决方案--------------------

投降了，本以为for能处理空行的。期待高手揭开答案。
下面的代码可以直接在命令行窗口运行，无法处理空行。

for /f "tokens=1* delims=:" %i in ('dir') do @if "%i"=="" (@echo.) else (@echo %i%j) & (@echo %i%j >> out.txt)