来自Internet的文件
在网站上下载的EXE,DOC等文件，在打开的时候，系统一般都会有提示说“来自Internet的文件可能会对你有帮助……”，WORD也会显示“该文档来源于网络……”等等类似的内容，我想知道系统是怎么知道这个文件是从网络上下载来的？是因为在下载的时候对文件做了特殊标记吗？

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那是因为你是用IE自带的下载的，IE有自己的下载安全机制，如果用迅雷下载，应该没有。
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"系统是怎么知道这个文件是从网络上下载来的？是因为在下载的时候对文件做了特殊标记吗"

有个信任等级的标记的，