2.In order to link to them from Visual C++, you will need to create .lib "import libraries" using the lib.exe program included with VC++.  Run:

     lib /def:libfftw3-3.def
     lib /def:libfftw3f-3.def
     lib /def:libfftw3l-3.def

其实这是VC自带的工具，我机器上安装了VS2012，lib.exe的路径如下：
   C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 11.0\VC\bin

64位的情况应该使用如下的命令：

lib /machine:x64 /def:libfftw3l-3.def

   打开Windows的命令提示行窗口（CMD窗口）以管理员模式运行，改变当前目录到D:\Program Files\Microsoft Visual Studio 8\VC\bin(使用cd命令)
   把\vs安装目录\Common7\IDE 里面的mspdb80.dll,mspdbcore.dll,mspdbsrv.exe,msobj80.dll 复制到上面的bin文件夹里，把libfftw3-3.def,libfftw3f-3.def,libfftw3l-3.def也拷到bin下面。 

3.在cmd进入上面提到的bin目录，并运行
  lib /machine:x64 /def:libfftw3-3.def
  lib /machine:x64 /def:libfftw3f-3.def
  lib /machine:x64 /def:libfftw3l-3.def

4.将libfftw3f-3.dll libfftw3-3.dll libfftw3l-3.dll放入windows/system32中，然后将生成的库文件libfftw3-3.lib libfftw3f-3.lib libfftw3l-3.lib放入vc中的lib文件夹，把fftw3.h放入include文件夹。

5.在你新建工程的时候，记得#include”fftw3.h“，然后设置参数：”项目“==>"项目属性"==>"配置属性"==>"链接器"==>"输入"==>"附加依赖项"，将以下三项添加进去：

   libfftw3-3.lib

   libfftw3f-3.lib

   libfftw3l-3.lib

6.完成。

7.下面是从别的博客上找到的一个测试代码：

#include "fftw3.h"

int main()
{
    fftw_complex *in, *out;
    fftw_plan p;
    int N= 8;
    int i;
    int j;
    in = (fftw_complex*) fftw_malloc(sizeof(fftw_complex) * N);
    out = (fftw_complex*) fftw_malloc(sizeof(fftw_complex) * N);
    for( i=0; i < N; i++)
    {
        in[i][0] = 1.0;
        in[i][1] = 0.0;
        printf("%6.2f ",in[i][0]);
    }
    printf("\n");
    p=fftw_plan_dft_1d(N,in,out, FFTW_FORWARD, FFTW_ESTIMATE);
    fftw_execute(p); /* repeat as needed*/
    for(j = 0;j < N;j++)
    {
        printf("%6.2f ",out[j][0]);
    }
    printf("\n");
    fftw_destroy_plan(p);
    fftw_free(in);
    fftw_free(out);
    return 0;
}