var jsDocText = document.createTextNode(jsText);
 var jsDoc = document.createElement("script");
 jsDoc.appendChild(jsDocText);
 document.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(jsDoc);

var s = 'function fn(s) { alert(s); }';
eval(s);
fn('test');

------解决方案--------------------

像楼主的代码，直接append到<script>标签的js代码串会直接运行的吧，怎么还要eval，难道ie下不行？我没测ie,chrome/ff都可以的。
看在jsbin测试的结果
http://jsbin.com/unuvev/edit#source

------解决方案--------------------
JScript code
var fun="function(){alert(123);}";        
                var f1=(new Function("alert(123)"))(),f2=(new Function("return "+fun))();
                f2();

------解决方案--------------------
探讨

JScript code

var s = 'function fn(s) { alert(s); }';
eval(s);
fn('test');