// aspx代码
<button id="btnOk" runat="server" visible="false"></button>

// aspx.cs代码
// ……其他代码……
// 执行到这里之后自动弹出选择框：
string strMessage = "if(confirm(\"您当前勾选了" + arrList.Count + "条数据，且有" 
 + (arrList.Count - arrListParameterValue.Count) + "条数据没有编辑权限。是否继续？\")){btnOk.click();}";
ClientScript.RegisterStartupScript(GetType(), "confirm", strMessage, true);
// 在这里需要获取confirm的选择项进行判断，如果选择了“是”，则继续执行下面的代码；如果选择了“否”，则终止代码的执行。
//……其他代码……

<asp:Button ID="Button2" runat="server" Text="Button" onclick="Button2_Click"  OnClientClick="return confirm('确定继续执行么？');"/>

------解决方案--------------------

Response.Write("<script>if (confirm(\"是否继续？\")) { window.location = \"OK.aspx\"; }</script>");
把要执行的操作写到OK.aspx