public class TestExcel {
   /**
    * t.xls
    * ---------
    * | a | b |
    * ---------
    * 
    * t2.xls
    * ---------
    * | a | a |
    * ---------
    * replace a from b.
    */
   public static void main(String[] args) throws Exception {
      InputStream in = new FileInputStream("c:/t.xls");
      OutputStream out = new FileOutputStream("c:/t2.xls");
      Workbook book2 = new HSSFWorkbook();
      Workbook book = new HSSFWorkbook(in);
      Sheet sheet = book.getSheetAt(0);
      Sheet sheet2 = book2.createSheet(sheet.getSheetName());

      for(int i = 0; i < sheet.getLastRowNum() + 1; i++) {
         Row row = sheet.getRow(i);

         if(row != null) {
            Row row2 = sheet2.createRow(i);

            for(int j = 0; j < row.getLastCellNum(); j++) {
               Cell cell = row.getCell(j);

               if(cell != null) {
                  Cell cell2 = row2.createCell(j);

                  if("b".equals(cell.getStringCellValue())) {
                     cell2.setCellValue("a");
                  }
                  else {
                     cell2.setCellValue(cell.getStringCellValue());
                  }
               }
            }
         }
      }

      book2.write(out);
      out.close();
   }
}

------解决方案--------------------
poi做不到，我估计没人能做了，因为office系列软件都是加密的，都是用16进制写进去的。doc的另外一种形式是rtf，不过不好控制。实在不行就调查下用微软的兼容包在你服务器上自动转换。

------解决方案--------------------
利用POI 最笨的方法..  
  POI 有两个类.一种处理07 也就是docx 以下简称 07类
            一种处理03 也就是doc  以下简称 03类

很久没写记不清类名了,我记得区别两个类名区别不大.
 你先用03类取出数据 doc中的数据,
 再把取出的数据用 07类生成 新文件 docx.

 转回来则反过来.
 用 07类取出docx的数据.
 再用 03类 把数据放进去生成 doc.
 方法比较繁琐.推荐在找不到更佳解决方案的情况下使用.
over
ps:poi 比较适合 处理excel,word还是用其他的吧