public class FileMap
{
    public List<byte[]> list = null;

    public void Test(string path)
    {
        list = new List<byte[]>();
        ...
        long fileOffset = 0;
        long fileSize = 0;
        uint blockBytes = 64<<20;//64M
        while (fileSize > 0)
        {
            IntPtr lpbMapAddress = MapViewOfFile(mappingFileHandle, FILE_MAP_COPY | FILE_MAP_READ,(uint)(fileOffset >> 32), (uint)(fileOffset & 0xFFFFFFFF),blockBytes);

            byte[] temp = new byte[blockBytes];

            // 代码1，Program 类中 for 循环输出结果（最初1K字节）正确
            Marshal.Copy(lpbMapAddress, temp, 0, (int)blockBytes);
            list.Add(temp);
            // end:代码1

            // 代码2，Program 类中 for 循环输出结果（最初1K字节）错误，但是代码2中 if(i==0)　时，结果正确；而改 if(i==1)　时，结果同 Program 类中 for 循环，错误
            byte[] tmp = new byte[1024];

            for(int i = 0; i < temp.Length; i+=1024)
            {
                Array.Clear(tmp,0,tmp.Length);
                Buffer.BlockCopy(temp, i, tmp, 0, 1024);
                //输出最初1K字节
                if(i==0)// i==0:正确；i==1:错误
                {
                    for(int j = 0; j < 1024; j++)
                    {
                        Console.Write(tmp[j].ToString("X2")+",");
                    }
                }
                list.Add(tmp);
            }
            // end:代码2


            UnmapViewOfFile(lpbMapAddress);
            fileOffset += blockBytes;
            fileSize -= blockBytes;
        }
    }
}
public class Program
{
    static void Main(string[] args)
    {
        FileMap fileMap = new FileMap();
        fileMap.Test(@"test.rar");//文件大小:8388608B = 8M

        Console.WriteLine(fileMap.list.Count.ToString());// 结果正确，代码1结果为：1，代码2结果为：8192

        byte[] temp = (byte[])(fileMap.list[0]);

        for(int i = 0; i < 1024; i++)
        {
            Console.Write(temp[i].ToString("X2")+",");
        }
    }
}

for(int i=0;i<fileMap.list.Count;i++)
{
    for(int j=0;j<fileMap.list[i].Length;j+=1024)
    {
        stream.Seek(j,SeekOrigin.Begin);
        stream.Write(fileMap.list[i], j, 1024);
    }
}

------解决方案--------------------

tmp变量是引用类型，因此你list.Add(tmp);只是添加了它的引用地址而并非里面的字节内容，当i>0时，即添加了第二次以上时，每次添加的都是相同的tmp引用，结果第二次你刷新tmp内容就把第一次的内容给改掉了。